要了解清肺仪治疗机理，首先要了解肺的结构和肺的生理、病理。肺在胸腔内，被负压腔(胸腔)包裹，与心脏通过肺动脉和肺静脉相连。由气管、支气管、肺泡、肺间质组成，是一个开放的、上开口的湿度很高的特殊脏器。开放和高湿度是导致肺容易感染的根本：上开口会导致肺内的痰液不易咳出而堵塞→不易咳出和堵塞就会使感染迁延难愈和肺泡内压力不断增高，出现反射性的不断剧烈呛咳和气喘→反复性的呛咳和气喘又会导致肺泡因压力增大而容积变大，如此形成了恶性循环；其次要了解清肺仪负压脉动原理。”负压”是低于常压的气体压力状态：呼吸时，当肺处于扩张状态时出现负压，肺内外形成压强差，空气就被吸入肺内，而废气则被排出体外。呼吸困难大多是由于肺内的二氧化碳潴留过多，肺泡增大，有效肺活量减小所致，也就是呼气性困难，因此要用负压；脉动则是清肺仪独创使用50Hz的电磁波驱动泵体阀片所形成的高速间断的气流，这种气流像脉搏一样的颤动，因此叫脉动。
负压脉动式清肺仪治疗机理是利用300~900帕的开放式负压、3升/分的排气流量和3000次/分的振荡频率，形成负压脉动振荡气流，在细管道里传导至肺内，形成涡旋气流在呼的过程中负压助力向外排气，消除呼吸阻力，增大呼气量，使吸气更轻松：负压脉动振荡气流在呼和吸的过程中均传导振荡，助力增强纤毛摆动动力，振动促进痰液剥离气道，借助负压吸引，使滞留痰液加速上行，自主咳出，达到提高呼吸道的清除功能，通气排痰，彻底消炎，疏通气道，消除二氧化碳潴留和缺氧状况，促进呼吸系统微循环及血氧交换，逐步恢复肺功能。